Organami jednostki w Chojnicach są dyrektor schroniska i Rada Schroniska.
Dyrektor Schroniska dla Nieletnich w Chojnicach: Jacek Łupaczewski,
tel. (52) 39 – 72 – 161 (wew.30), (52) 39 – 72 – 258.
Dyrektor szkół funkcjonujących w placówce,
Kierownik Gospodarstwa Pomocniczego,
Kierownik Internatu,
Główny Księgowy,
Kierownik Gospodarczy.
Sposób wykonywania nadzoru administracyjnego i pedagogicznego Schroniska określa rozporządzenie Ministra Sprawiedliwości z dnia 17 października 2001 r. w sprawie zakładów poprawczych i schronisk dla nieletnich (Dz. U. Nr 124, poz. 1359), rozdział 8 i 9.
